CIR : comment justifier l'affectation des dépenses aux travaux de R&D ?

septembre 29, 2026
Hiba Bader
8:19 am

Introduction

En matière de Crédit d’Impôt Recherche (CIR), identifier des dépenses éligibles ne suffit pas. L’entreprise doit également être capable de démontrer leur affectation effective aux opérations de recherche et développement.

Une ordonnance de la Cour administrative d’appel de Versailles du 9 septembre 2026 (n° 25VE02368) vient de le rappeler. Une entreprise s’est vu refuser une partie du CIR qu’elle réclamait, notamment parce que les éléments produits ne permettaient pas de justifier suffisamment la participation de certains salariés aux travaux de recherche, ni l’utilisation de plusieurs immobilisations dans le cadre de ces opérations.

Cette décision apporte plusieurs enseignements utiles aux entreprises qui déclarent du CIR : comment documenter les dépenses de personnel ? Comment justifier l’utilisation d’un équipement pour la R&D ? Et quelles preuves conserver en cas de contrôle ?

Plan de l’article

CIR : pourquoi certaines dépenses ont-elles été rejetées ?

L’affaire concerne T.A.P FRANCE, une entreprise spécialisée dans les solutions de stockage et de manutention. Pour son CIR 2021, l’administration fiscale a écarté une partie des dépenses déclarées.

Deux catégories étaient principalement concernées :

Des dépenses de personnel, pour des salariés exerçant notamment des fonctions commerciales, administratives, logistiques ou techniques
Des amortissements d’immobilisations utilisées à la fois pour la R&D et pour d’autres activités

Après un premier rejet par le tribunal administratif de Versailles, l’entreprise a fait appel. Le 9 septembre 2026, la Cour administrative d’appel de Versailles a également rejeté sa requête.

Dépenses de personnel : des tableaux de temps ne suffisent pas toujours

Pour intégrer certaines dépenses de personnel dans son CIR, l’entreprise avait notamment fourni des bulletins de paie, CV, diplômes ainsi que des tableaux établis par ses soins, détaillant les heures que les salariés auraient consacrées à différents travaux liés aux verrous scientifiques et techniques du projet.

Ces éléments n’ont pas été jugés suffisants dans cette affaire.

La Cour relève notamment que l’entreprise ne fournissait pas de justificatifs permettant d’établir concrètement le travail réalisé par les salariés concernés dans le cadre des opérations de recherche.

Elle mentionne, à titre d’exemples, des éléments tels que :

Les échanges avec les chercheurs
La participation à des réunions
Les comptes rendus de tests réalisés

Cette exigence est particulièrement importante lorsque les salariés concernés exercent principalement des fonctions qui ne relèvent pas directement de la recherche.

Ce qu’il faut retenir

Un tableau de suivi des temps peut participer à la documentation du CIR, mais il ne doit pas être déconnecté de la réalité opérationnelle du projet.

L’entreprise doit pouvoir expliquer et documenter la contribution des personnes valorisées : qui est intervenu, sur quelle opération de R&D, pour réaliser quels travaux et pendant quelle période ?

Autrement dit, la justification du CIR ne repose pas uniquement sur un nombre d’heures déclaré. Elle doit pouvoir être rapprochée des travaux de recherche effectivement réalisés.

Immobilisations : attention aux clés de répartition trop générales

La décision porte également sur les dotations aux amortissements de plusieurs immobilisations.

Dans cette affaire, certains équipements étaient utilisés à la fois pour les opérations de recherche et pour d’autres activités.

Pour déterminer la part à intégrer au CIR, l’entreprise avait appliqué un ratio uniforme de 23 %, calculé à partir du rapport entre la masse salariale affectée à la recherche et sa masse salariale totale.

La Cour n’a pas retenu cette méthode au regard des éléments fournis.

Elle constate que l’entreprise ne démontrait ni la réalité de l’affectation de chacun des actifs aux opérations de recherche, ni l’ampleur de cette affectation.

Là encore, l’enjeu est donc celui de la traçabilité. Lorsqu’une immobilisation n’est que partiellement utilisée pour la R&D, l’entreprise doit pouvoir documenter son utilisation dans le cadre des opérations de recherche concernées.

Une dépense acceptée une année n’est pas automatiquement acquise pour la suivante

Autre point intéressant de cette affaire : l’entreprise faisait valoir que l’administration avait accepté, au titre de l’année 2020, les dépenses relatives à certains des salariés concernés.

Cet argument n’a pas permis de justifier les dépenses déclarées pour 2021.

La Cour considère que l’acceptation de certaines dépenses au titre d’un exercice précédent est sans incidence sur l’analyse de l’exercice concerné par le litige.

En pratique, une entreprise doit donc être en mesure de justifier les dépenses intégrées à son CIR pour chaque exercice, même lorsque des dépenses comparables ont déjà été admises auparavant.

Comment mieux documenter son CIR ?

Cette décision rappelle surtout qu’un CIR doit pouvoir être défendu à partir d’éléments cohérents entre la réalité des travaux de R&D et les dépenses déclarées.

Plusieurs bonnes pratiques peuvent contribuer à cette sécurisation.

1. Documenter les travaux au fil de l’eau

Attendre un contrôle pour reconstituer plusieurs mois, voire plusieurs années, de travaux peut rendre la justification beaucoup plus difficile.

La documentation doit idéalement accompagner le projet tout au long de sa réalisation.

2. Relier les collaborateurs aux opérations de R&D

Pour les personnes dont les dépenses sont valorisées au CIR, l’entreprise doit être capable de retracer leur contribution aux travaux : opérations concernées, tâches réalisées, période d’intervention et éléments permettant d’en attester.

3. Conserver les éléments techniques utiles

Selon les projets, des comptes rendus de réunions, résultats d’essais, rapports de tests, documents techniques, échanges de travail ou autres traces du déroulement des opérations peuvent contribuer à documenter la réalité des travaux réalisés.

Il ne s’agit pas d’accumuler des documents sans logique, mais de pouvoir retracer le déroulement du projet et les contributions qui y sont associées.

4. Documenter l’utilisation des équipements

Lorsqu’un équipement est utilisé à la fois pour la R&D et pour d’autres activités, il est important de pouvoir établir son utilisation dans le cadre des opérations de recherche et la part correspondante.

Une clé de répartition générale, sans éléments permettant de la rattacher à l’utilisation effective des actifs concernés, peut être insuffisante.

5. Assurer la cohérence entre les volets technique et financier

La documentation technique et la valorisation financière du CIR ne doivent pas être traitées séparément.

Les dépenses déclarées doivent pouvoir être rapprochées des opérations de R&D auxquelles elles se rapportent.

La documentation, un élément central de la sécurisation du CIR

L’ordonnance de la CAA de Versailles ne signifie pas qu’un tableau de suivi du temps ou qu’une méthode de répartition ne peuvent jamais être utilisés.

Elle rappelle en revanche un principe essentiel : les éléments produits doivent permettre d’établir suffisamment la réalité de l’affectation des dépenses aux opérations de recherche déclarées.

La sécurisation du CIR commence donc bien avant un éventuel contrôle. Documentation technique, suivi des contributions des équipes, affectation des équipements et justification des dépenses doivent être pensés de manière cohérente tout au long du projet.

Source : Données ouvertes (Open Data) | Justice administrative

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